실무상 활용되는 경우는 거의 없지만, 법문상으로 보조금 취소 처분을 하면 반드시 제재부가금도 부과하도록 되어 있습니다. 물론 기속행위인지 재량행위인지는 법문만으로 판단하지 않지만, 확립된 선례가 없는 현재는 제재부가금 부과가 행정청의 기속행위라고 볼 수밖에 없습니다. 특히 보조금관리에 관한 법률 시행령은 행정청이 제재부가금의 50% 까지 감액할 수 있다고 하는데, 반대로 해석하면 이것이 행정청이 가진 재량의 한계이고 애초에 부과를 하지 않을 수는 없습니다.
법문상 제재부가금은 보조금 반환처분이 있은 후 하게 되어 있는데, 언제까지 해야 하는지에 대한 제한은 분명하지 않습니다. 심지어 행정청은 보조금 반환처분에 대한 행정소송 결과를 지켜본 후 제재부가금을 부과할 수도 있습니다(국고보조금관리지침 제41조 제4항).
이러한 제재부가금 부과도 법정 절차에 따르는데, 국고보조금관리지침 제41조에 따라 예상 제재부가금 등 관련사항이 보조사업자에게 사전 통지되고 15일 가량의 소명기회가 주어집니다.
만약 보조금 반환처분을 다투지 않는다면 보조금의 부정 사용은 인정할 수밖에 없으므로, 제재부가금을 완전히 취소할 수는 없고 제반 사정등을 이유로 감액되어야 한다는 주장 정도밖에 할 수 없다고 보입니다.